Siglo XV, Andalucía. La Orden de los Assassin's (Hashshashin) pretende impedir que los Templarios junto con la Santa Inquisición se hagan con el Fruto del Edén. Si así ocurriese, el libre albedrío que tienen los humanos desaparecería y sólo existirían esclavos. Aguilar de Nehra (Michael Fassbender) y su mentor, Benedicto (Carlos Bardem), liderarán a los Assassin's en una lucha contra otras fuerzas y una época convulsas, una Sevilla de 1492 justo cuando los musulmanes serían expulsados de esas tierras.
Pasados unos siglos, un condenado a muerte, Callum Lynch (también Michael Fassbender) se convertirá en la clave del secreto programa Abstergo, en el cuál los Templarios, como Alan (Jeremy Irons) y su hija Sofía Rikkin (Marion Cotillard), pretenden hacerse con ese fruto para dominar el libre albedrío de los humanos y erradicar la violencia en el mundo.
